日本国憲法の改正のための要件は、第96条に規定されており、通常の立法のための要件よりも加重されたものとなっている（硬性憲法）。それによれば「各議院の総議員の三分の二以上の賛成」に基づき国会が憲法の改正を発議し、国民投票による「その過半数の賛成」による承認を必要とするものとされている。当該国民投票を実施するための細則については新たに法令によりこれを定める必要がある（2007年日本国憲法の改正手続に関する法律が制定された）。
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基本的人権の尊重に関して
天皇は元首か - 第1条、元首
女帝、生前退位は認められるか：憲法上は触れられていない。- 第2条、皇室典範。
国家安全保障上の不備 - 第9条
私学助成の制度は第89条に違反しているのではないか。 - 私立学校振興助成法
検察官の無罪判決に対する上訴は第39条の二重の危険の禁止に反しているのではないか。
日本の憲法の主たる法源は、日本国憲法（形式的意味の憲法）である。ここでは、日本国憲法には述べられていない憲法上の問題について述べる。
領土
ゲオルク・イェリネックのいう国家の三要素のうち、国民 (Staatsvolk)・国家権力 (Staatsgewalt) に関して日本国憲法は論じているが、国家領土 (Staatsgebiet) に関しては、日本国憲法は沈黙している（これは比較憲法的には異例に属する）。日本国の領土を決定する法規範は、主として条約にある。
なお、大日本帝国憲法も、国家領土については沈黙していた。このため、帝国憲法施行後に獲得された領土については、憲法の場所的適用範囲が問題となった。これについては、肯定説・否定説・折衷説が対立した。
国家の自己表現
いわゆる国家の自己表現 (Selbstdarstellung des Staates) について、日本国憲法は規定していないが、比較憲法的には珍しいケースである。主な法源として、次のようなものがある。
日本国の国家体制、国号、政体に関する規定（ex.日本国は自由と民主主義に基く立憲君主国である、など）。
国旗国歌法：日本国の国旗は日章旗、国歌は君が代であることを規定している。
元号法：元号は政令で定めるべきこと、元号は皇位継承があった場合に限り改めること（一世一元の制）を規定している。
国民の祝日に関する法律
首都に関しては、1950年（昭和25年）の首都建設法がある（ただし、1956年に廃止）。
日本国憲法は硬性憲法（改正のための要件が法律に比して厳しい）であるため、裁判所の判断（判例）のもつ重要性はより高いといわれる。